O Museu de Arte Sacra de São Paulo é fruto de um convênio celebrado entre o Governo do Estado e a Mitra Arquidiocesana de São Paulo, em 28 de outubro de 1969 e sua instalação data de 29 de junho de 1970. A partir desta data, o Museu de Arte Sacra de São Paulo passou a ocupar a ala esquerda térrea do Mosteiro de Nossa Senhora da Imaculada Conceição da Luz e a antiga Casa do Capelão, antes administração, e onde, desde 1999, está exposto o acervo de presépios do museu.
A parte mais antiga do complexo foi construída sob orientação de Frei Antônio de Santana Galvão para abrigar o recolhimento das irmãs concepcionistas, função esta que também se mantém até hoje.
O acervo do museu começou a ser formado por Dom Duarte Leopoldo e Silva, primeiro arcebispo de São Paulo, que a partir de 1907 começou a recolher imagens sacras de igrejas e pequenas capelas de fazendas que sistematicamente eram demolidas após a proclamação da República. Na década de 1970, foi possível ampliar significativamente esse acervo.
Atualmente, as principais atribuições do Museu de Arte Sacra de São Paulo são: recolher, classificar, catalogar e expor convenientemente objetos religiosos cujo valor estético ou histórico recomende a sua preservação; expor permanente, pública e didaticamente seu acervo; promover o treinamento, a capacitação profissional e a especialização técnica e científica de recursos humanos necessários ao desenvolvimento de suas atividades; incentivar e apoiar a realização de estudos e pesquisas sobre arte sacra e história da arte; promover cursos regulares, periódicos ou esporádicos de difusão, extensão e de treinamento sobre temas ligados a seu campo de atuação.
